Интенсивная деятельность И. Франко была неожиданно прервана вторым арестом в марте 1880 г. и трехмесячным заключением в коломыйской тюрьме. В 1889 г. писателю пришлось пережить ещё один арест и более чем двухмесячное заключение за связь с группой киевских студентов, прибывших в Галицию. В 1890 г. по инициативе И. Франко и М. Павлика была создано Русько-украинская радикальная партия — первая политическая партия на украинских землях. И. Франко стал её первым председателем (до 1898 г.) и одним из главных идеологов. На страницах её органа — двухнедельника «Народ» писатель публиковал просветительские статьи. Политическое мировоззрение И. Франко формировалось под влиянием Михаила Драгоманова. Однако со временем Франко отказался от федералистских идей своего учителя, перешёл на самостийницкие позиции, что обусловило другие изменения в его политических взглядах. В 1899 г. он вышел из состава РУРП и присоединился к Украинской национально-демократической партии, мотивируя своё решение тем, что ощущает себя «прежде всего русином, а потом радикалом».
Активное участие в политической жизни писатель прекратил в 1904 г. Это частично было связано с занятостью делами Научного общества имени Шевченко. В 1898—1901 и 1903-1912 гг. он возглавлял филологическую секцию, а в 1898-1900 и 1908-1913 гг. — этнографическую комиссию НОШ;
был редактором многих изданий общества, в частности в 1898-1907 гг. вместе с М.Грушевским и В. Гнатюком редактировал «Литературно-научный вестник». Обоснованием и популяризацией национальной идеи как движущей силы освободительной борьбы, а также утверждением её в народной среде, собственно говоря, и определяется вклад И. Франко в развитие украинской общественно-политической мысли.